Femtondag jul sände han fogdar med uppmaning att efterspana upprorsmän. Från riksdagen i Västerås, dit han 15 februari kallat riksråden och de främsta ur adeln skrev han skrivelser till dalkarlarna där han förklarade sig ha för avsikt att rycka upp till Norska gränsen för att efterspana om några upprorsmän återvänt från Norge. Samtidigt kallade han till ett landsting i Stora Tuna socken på askonsdagen (1528). I februari drog han i spetsen för 14.000 man upp till Stora Tuna, där allmogen församlats på slätten runt Stora Tuna kyrka. Folket omringades och några kanoner placerades med mynningen mot folkhavet. Kungen själv satt till häst i rustningen, medan rådmännen som ledde underhandlingarna med bönderna satt framför honom något åt sidan.[3]
Först upplästes en skrivelse, där allmogen klandrades för sitt agerande under de senaste åren, det tydliggjordes att de inte hade rättighet att bestämma vem som skulle vara kung och om de försökte sig på det skulle de straffas som fiender till riket. Måns Bryntesson höll även ett tal där han klandrade dem för att ha brutit sin tro mot kungen och framhöll det tålamod kungen visat mot dem. Dalkarlarna tackade kungen för den nåd han visat mot dem, men menade sig inte ha begått något brott eller genomfört något uppror. Måns Bryntesson klargjorde då att om bönderna själva inte utlämnade alla som stött Daljunkern skulle alla bönder på platsen avrättas. Dalkarlarna valde då att själva utlämna personer som deltagit i upproret. Dessa dömdes omedelbart av lagmännen och riksråden till döden och började avrättas.[3]
Vartefter allt fler bönder avrättades började de kvarvarande be om nåd. Kungen var till en början oberörd av deras böner, men när han ansåg demonstrationen fått avsedd verkan lät han de övriga få nåd. Han drog därefter till Hälsingland, som man där befunnit sig i brevkontakt med dalkarlarna. Även här omringades allmogen och tvingades till underkastelse, men han nöjde sig med att arrestera några av huvudmännen. Därefter begav han sig till Gästrikland för att även hålla landsting med allmogen där. Under tiden som Gustav Vasa befann sig i Gästrikland greps en av huvudmännen för upproret, Peder Grym, i Hälsingland. Man fann hos honom flera brev med upplysningar om upprorsmännens stöd i Norge.
Peder Grym fördes till Stockholm, där han förhördes 18 och 20 april och bekände planen att med dalkarlarnas hjälp insätta Nils Sture på tronen. Om dalkarlarnas uppror misslyckades skulle man i stället anskaffa skepp och sjövägen från Norge anfalla Öland och Kalmar. För sin hjälp från Norge hade Nils Sture lovat att Viken skulle tillfalla landet, då han blev kung. Han[förtydliga] avrättades och kroppen sattes upp på stegel.[3]
Strax efter avrättningarna av de gamla Stureanhängarna bröt nya oroligheter ut i Dalarna. Detta var i princip en repris av det första dalupproret då Stureanhängare återigen utnyttjade missnöjet med skatterna och de lutherska angreppen mot den katolska kyrkan för att uppvigla dalkarlarna mot Gustav Vasa. Men detta uppror bedömdes uppenbarligen som mycket allvarligare av kungen än det förra eftersom han satte igång en intensiv propagandaapparat för att svärta ner dess ledare, den gamle riksföreståndarens fjortonårige son Nils Sture. Gustav Vasa förnekade att upprorsledaren var Nils Sture och kallade honom för Daljunkern, senare hävdade han att Nils Sture var död och att Daljunkern i själva verket var en simpel stalldräng vid namn Jöns Hansson. Historikerna har i de flesta fall accepterat Gustav Vasas version även om påståendet att Daljunkern var identisk med Jöns Hansson är uppenbart felaktigt. Men både oberoende vittnesmål och kungens eget agerande tyder starkt på att Daljunkern verkligen var Nils Sture. Det enda som egentligen talar för Gustav Vasas version är ett brev från Nils Stures moder där hon hävdar att hennes son var död, men detta brev kan mycket väl ha skrivits mot hennes vilja. Fast även om Gustav Vasa var oroad av upproret tog inte heller det andra dalupproret, eller Daljunkerns uppror som det också kallas för, någon fart trots en lovande inledning. Daljunkern flydde till Norge, men på grund av ett falskt rykte om kungens död gjorde han senare åter ett misslyckat infall i Sverige.
I februari 1528 återvände den i allra högsta grad levande Gustav Vasa och hans knektar till Dalarna. Kungens räfst blev denna gång hårdare och de ledande upprorsmännen greps vid tinget och avrättades på fläcken. Daljunkern själv begav sig via Norge till landsflykt i Rostock där han på Gustav Vasas uttryckliga begäran inte utlämnades till Sverige utan blev avrättad av stadens myndigheter.